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Dans les études de toxicité aiguë, l’afidopyropène présentait une faible toxicité par voie orale, par voie cutanée et par inhalation chez le rat, il n’était pas irritant pour les yeux et la peau chez le lapin, et il n’a pas causé de sensibilisation cutanée chez le cobaye lors des tests de maximalisation. L’insecticide Sefina et l’insecticide Versys présentaient une toxicité aiguë légère par inhalation chez le rat, et l’insecticide Versys était modérément irritant pour la peau chez le lapin.

La base de données contenait des études de toxicité à dose répétée par le régime alimentaire menées avec l’afidopyropène chez le rat et la souris, ainsi que des études par administration de capsules chez le chien. Dans ces études, qui comprenaient des essais de court à long terme, les espèces les plus sensibles sur le plan de la toxicité semblaient être le chien, le rat et la souris, dans cet ordre. En plus d’effets sur le poids corporel et la prise de poids corporel, le foie était un tissu fréquemment touché après des administrations répétées chez ces trois espèces d’essai. Le coeur était un autre organe cible de toxicité après l’administration de doses répétées d’afidopyropène, et les effets nocifs étaient plus marqués chez le rat et la souris. Des effets sur plusieurs organes reproducteurs ont également été constatés après l’administration de doses répétées d’afidopyropène. D'autres effets ont été observés, entre autres, chez le rat aux glandes surrénales et au cortex surrénalien.

Aucun signe d’oncogénicité n’a été relevé dans une étude d’oncogénicité de 18 mois par le régime alimentaire chez la souris. Cependant, dans une étude chez le rat, une augmentation statistiquement significative de l’incidence d’adénocarcinomes utérins et d’adénomes/adénocarcinomes utérins combinés a été observée aux deux doses testées. L'afidopyropène a été classé comme ayant une évidence suggestive de cancérogénicité chez l'humain. La base de données contenait des éléments probants indiquant des perturbations endocriniennes. Les études de neurotoxicité aiguë et chronique n'ont pas démontré d'effets, mais des signes d’effets sur les tissus nerveux ont été relevés dans la base de données, et les effets les plus graves ont été observés chez les chiens, l'espèce la plus sensible. Finalement, en ce qui concerne la toxicité prénatale et postnatale, des signes d’une sensibilité accrue des fœtus comparativement aux mères ont aussi été relevés dans certaines études de toxicité pour le développement chez le rat et le lapin. L’ afidopyropène est classé par l'EPA comme ayant une évidence suggestive de cancérogénicité, mais pas suffisante pour évaluer le potentiel cancérogène pour l'homme sur la base d'adénomes hépatocellulaires bénins chez les rats mâles et d'adénocarcinomes utérins et d'adénocarcinomes et d'adénomes combinés chez les rats femelles. Les preuves sont insuffisantes pour étayer le mode d'action proposé pour les tumeurs utérines chez les rats femelles.

L’afidopyropène est légèrement toxique chez les poissons d'eau douce (CL₅₀ - 96 h 19980 µg/L chez la truite arc-en-ciel) et les algues vertes (CE₅₀ - 72 h 20370 µg/L pour Pseudokirchneriella subcapitata). Il est modérément toxique pour les invertébrés aquatiques d’eau douce (CE₅₀ – 48 h 8890 µg/L pour Daphnia magna) et les plantes vasculaires (CE50 – 7 jours de 8740 µg/L pour Lemna gibba).

L’afidopyropène est légèrement toxique chez les oiseaux exposés par voie orale (DL₅₀ 783 mg/kg p.c. chez le colin de Virginie).

Cet insecticide est faiblement toxique chez les abeilles (DL₅₀ par voie orale > 100 µg/abeille et DL₅₀ par contact > 200 µg/abeille).

L’afidopyropène a été jugé non toxique pour les abeilles domestiques exposées à une dose aiguë par voie orale ou par contact, d’après les critères d’effet relatifs à la mortalité. Toutefois, des effets comportementaux sublétaux (tels que l’immobilité ou l’altération de la locomotion) semblant parfois mener à la mort ont été relevés dans ces études.