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Chez les animaux de laboratoire, le benzovindiflupyr technique est hautement (modérément à extrêmement toxique) par voie orale, faiblement toxique par voie cutanée et modérément toxique par voie respiratoire. Le benzovindiflupyr cause une irritation minime des yeux et de la peau. Il n'est pas un sensibilisant cutané chez la souris selon l'essai sur les ganglions lymphatiques locaux (EGLL). Cependant, l faut bien lire les étiquettes des formulations commerciales car leur toxicité est variable. Certaines étiquettes contiennent les mentions suivantes: «POISON», «DANGER», «IRRITTANT POUR LES YEUX ET LA PEAU, «CORROSIF POUR LES YEUX ET LA PEAU», «SENSIBILISANT CUTANÉ POTENTIEL», etc.

Les effets observés sur la santé des animaux ayant reçu des doses répétées de Benzovindiflupyr technique concernent principalement une perte ou un gain de poids corporel, des effets sur le foie ainsi que des signes de toxicité générale. Dans une étude à long terme par le régime alimentaire, les effets sur les souris se sont limités à l’hyperplasie du colon et du cæcum chez les mâles et les femelles, et à une augmentation des cas de démarche chaloupée chez les femelles. Aucun cas de cancérogénicité n’a été relevé. Le benzovindiflupyr a été classé comme ayant une évidence suggestive de cancérogénicité, mais pas suffisante pour évaluer le potentiel cancérogène chez humain en raison  d'une augmentation liée au traitement de l’incidence d’adénomes folliculaires de la thyroïde chez les rats mâles. Alors que les études ont été étendues, la faible puissance de benzovindiflupyr pour initier des tumeurs et la sélection de dose pour le mode d'études d'action a donné lieu à une incapacité à démontrer de manière concluante que les tumeurs de la thyroïde ne sont pas pertinentes pour l'évaluation des risques pour la santé humaine.

Le benzovindiflupyr ne cause pas de malformation congénitale chez les animaux. Lorsque du benzovindiflupyr a été administré à des animaux en gestation ou allaitant, aucun effet n’a été observé chez les foetus ou les petits, et ce, à des doses toxiques pour la mère, ce qui indique que les jeunes ne sont pas plus sensibles au benzovindiflupyr que les animaux adultes. Rien ne permet de penser que le benzovindiflupyr altère le matériel génétique. Le benzovindiflupyr n'est pas neurotoxique. L'absence d'effets endocriniens n'a pu être démontré.

Le benzovindiflupyr est très toxique chez les poissons d'eau douce (CL50 - 96 h de 9,1 µg/L chez la truite arc-en-ciel) et les invertébrés aquatiques d’eau douce (CE50 – 48h de 85 µg/L pour Daphnia magna). Il est toxique chez les algues vertes (CE50 - 96 h supérieure à 890 µg/L pour Pseudokirchneriella subcapitata) et les plantes vasculaires (CE50 – 7 jours supérieure à 880 µg/L pour Lemna gibba).

Le benzovindiflupyr est légèrement toxique chez les oiseaux exposés par voie orale (DL50 de 1014 mg/kg p.c. chez le colin de Virginie).

Ce fongicide est faiblement toxique chez les abeilles (DL50 par voie orale supérieure à 100 µg/abeille et DL50 par contact supérieure à 109 µg/abeille).