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Le mancozèbe possède une faible toxicité aiguë par les différentes voies d'exposition. Il serait peu irritant pour la peau. Par contre, il a causé chez le lapin une irritation oculaire marquée et considérée importante à 4, 24, 48, 72 et 96 h, ainsi qu’aux jours 7, 14, et 22. Cependant, des études plus récentes dans lesquelles les yeux ont été lavés montrent que le mancozèbe, bien qu'irritant pour les yeux, ne nécessite pas d'être classé comme irritant pour les yeux aux termes de la règlementation européenne. Il serait un sensibilisant cutané selon Santé Canada et la Commision Européenne d'après les résultats de plusieurs essais de maximisation de Magnusson et Kligman et négatif selon l'essai de Buehler moins sensible.

La thyroïde était l'organe cible lors des études chroniques et subchroniques chez les rats et les chiens. La toxicité se manifestait sous la forme d'altération des hormones thyroïdiennes, augmentation du poids de la thyroïde et la présence de lésions microscopiques à cette glande. Les données disponibles des effets sur la santé des humains ou les effets écologiques suggèrent des effets endocriniens. Les études mammaliennes ont démontré des effets thyroïdiens, lesquels pourraient indiquer un potentiel endocrinien. 

Des adénomes et des carcinomes des cellules folliculaires thyroïdiennes ont été observé à fortes doses chez les rats. La classification de la cancérogénicité du mancozèbe par l'EPA (probablement cancérogène chez l'humain) est en partie basée sur celle de son principal métabolite, l'ETU et concerne la présence plus élevée d'adénomes et de carcinomes combinés chez la souris femelles. Toutefois, ce qui est reconnu plus spécifiquement par l'ARLA et l'EFSA  se rapporte à l'incidence plus élevée d'adénomes et des carcinomes des cellules folliculaires thyroïdiennes observé à la dose la plus élevée administrée à des rats.

Selon des études publiées, le mancozèbe serait un nerotoxique pro-oxydant favorisant l’augmentation des concentrations intracellulaires de formes réactives de l’oxygène. Le mancozèbe n'a pas démontré de sensibilité accrue des petits après une exposition in utero ou postnatale dans les études sur la reproduction et le développement. Toutefois, il existe une inquiétude concernant la toxicité développementale provenant d'une exposition au mancozèbe en raison des effets sur le développement associés au produit ainsi qu'à son métabolite ETU qui causent des effets semblables au mancozèbe.

Les études sur la génotoxicité in vivo et in vitro du mancozèbe ont donné des résultats positifs et négatifs. Selon l'EFSA, dans l'ensemble, le potentiel génotoxique est peu préoccupant. La base de données contient aussi près de 100 études de génotoxicité sur l’ETU. Tout comme l’EPA, l’ARLA est d’avis que l’ETU a un faible potentiel génotoxique.

Le mancozèbe est très toxique chez les poissons d'eau douce (CL50 - 96 h de 74 µg/L chez la truite arc-en-ciel) et les algues vertes (CE50 - 120 h de 47 µg/L pour Pseudokirchneriella subcapitata). Il est toxique pour les invertébrés aquatiques d’eau douce (CE50 – 48 h de 580 µg/L pour Daphnia magna).

Le mancozèbe est légèrement toxique chez les oiseaux exposés par voie orale (DL50 > 1600 mg/kg p.c. chez le canard colvert).

Le mancozèbe est faiblement toxique chez les abeilles. La DL50 aiguë par contact est supérieure à 179 µg/abeille et supérieure à 153 µg/abeille par voie orale.