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Le fluaziname résiste à l'hydrolyse en milieu acide. Il se dégrade par cette voie en milieu neutre avec une demi-vie de 42 jours à pH 7 et plus rapidement en milieu alcalin (pH 9) avec une demi-vie de 4,6 jours. Le principal produit de dégradation formé à pH 7 et 9 est l'acide 5-chloro-6-(3-chloro-2,6-dinitro-4-trifluorométhylanilino) nicotinique (CAPA). Ce dernier résiste à l'hydrolyse à ces pH. La photolyse constitue une voie importante de transformation du fluaziname dans l'eau. Sa demi-vie de dégradation au moyen ce mécanisme est de 2,5 jours dans l'eau à pH 5 et de 22 jours à la surface du sol. Le fluaziname est classé modérément persistant à persistant dans les sols aérobies où il est biodégradé avec une demi-vie variant de 38 à 200 jours (moyenne de 112 jours). Il est faiblement persistant dans les sols en conditions anaérobies (TD50 = 4,5 jours) et dans les systèmes eau-sédiment (conditions aérobies TD50 varie de 1 à 3,2 jours; conditions anaérobies TD50 est inférieure à 1 jour). Son principal métabolite est le 5-[(3-chloro-5-(trifluorométhyl)-2-pyridyl)amino]-α;,α;,α;-trifluoro-4,6-dinitro-o-crésol (HYPA). Ce produit est persistant dans les sols (demi-vie = 117,6 jours).